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眼科 淮安市临床重点专科，徐州医科大学眼科学硕士学位授予点，国家住院医师规范化培训基地，国家临床药物器械（GCP）基地，中国近视防控能力建设联盟成员单位。设置眼视光及角膜屈光，白内障，青光眼，玻璃体视网膜疾病，斜视及小儿眼科等亚专科。科室年门诊量33000人次，手术量超2100台次。
眼科现有医护人员30余人，其中主任医师及副主任医师5人，博士1人，硕士生研究生导师1人，硕士10人。结业及在培的眼科住培医师15名。科室拥拥有眼力健超声乳化仪，歌德/DROC玻切超乳一体机，ZEISS Lumara T/ -
淮安市第二人民医院在省内胸心外科领域有着辉煌历史。上世纪八十年代率先在省内开展体外循环下各类先天性心脏病矫治手术、联合瓣膜置换术;九十年代又率先在苏北地区开
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淮安市第二人民医院整形烧伤创面修复科始建于 1997 年，是我市最早成立的特色专科，经过二十余年的发展，现已成为苏北地区实力领先的烧伤整形专业。本科室拥有一批临床经验丰
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我院普外科 2019年新评为省级重点专科。2009年实行三级分科，普外科分为胃肠外科、肝胆外科、甲状腺乳腺外科。胃肠外科专业在现学术氛围浓厚，拥有一批有良好学术背景、扎实理论基
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胃肠外科是江苏省临床重点专科，徐州医科大学外科学硕士学位授予点，国家住院医师规范化培训基地，国家药物临床试验基地，江苏省胃癌联盟成员单位，江苏省神经内分泌肿瘤诊治中心
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淮安市第二人民医院肝胆胰外科是江苏省临床重点专科，江苏省人民医院肝脏外科中心淮安分中心，技术力量雄厚，有 主任医师2人，副主任医师2人，主治医师2人，住院医师4人，其中医学博士1人，在读博士1人，医学硕士6人，江苏省“333工程” 培养对象2人，江苏省“卫生拔尖人才” 1 人，淮安市“533工程”培养对象3人。
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乳腺甲状腺外科在原普外科的基础上建立于2010年，科室现有专科医师11人，其中主任医师3人，副主任医师2人，主治医师3人，住院医师3人，其中博士5人，硕士4人。专科护士10人。科室的配套设
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徐州医科大学附属淮安医院神经外科建科于1972年，是苏北地区较早成立的神经外科专科，经过几代神经外科工作者的不辍耕耘，学科不断发展壮大，目前为江苏省临床重点专科，徐州医科大学硕士研究生培养点，集医疗、教学、科研为一体的神经外科治疗中心。
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科主任怀德兼任大五官科主任，主任医师、副教授、硕士生导师。江苏省有突出贡献中青年专家，江苏省“333工程”第二层次中青年领军人才，江苏省第一批“卫生拔
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淮安市第二人民医院脊柱外科，成立于2015年。目前为江苏省临床重点专科。2016年作为徐州医科大学硕士研究生培养点开始独立招收硕士研究生。现有医师15人，其中高级职称5人，博士4人，在读博士2人。能常规开展各种脊柱脊髓损伤手术、脊柱退变性疾病手术、颈椎前后路手术、脊柱畸形矫形手术、脊柱肿瘤全脊柱切除重建手术、经皮脊柱内镜下椎间盘摘除术、经皮大通道内镜下椎管减压术、脊柱内镜下融合手术等。
